מערכות המים שכללו קידוחים, בריכות איגום ומערכות הולכה עצמאיות, היו תחילה נפרדות לכל מושב. מערכות מים מקומיות אלה הוקמו בידי משרד השיכון, הסוכנות היהודית והישובים עצמם.

מאמצע שנות ה-80 הוקמו הקידוחים, האיגומים המרכזיים וכל המערכות הנדרשות ע"י חברת "מקורות", תוך איחוד כל מערכות המים המקומיות למערכת אזורית אחת.

מערכת זו מחולקת לכ- 120 גושים. לכל גוש יש חיבור צרכן נפרד של מקורות למערכת המים, לכל חיבור צרכן מחוברים מספר חקלאים ולכל חקלאי בתוך הגוש ישנו שעון מים נפרד.

כל מערכות המים בערבה התיכונה, ממושב עידן בצפון ועד למושב פארן בדרום, קשורות למרכז שליטה אחד. מצב זה מאפשר חלוקת המים על פי הצורך והבטחת ניוד מים בתוך האזור בכמות ובאיכות.

היום חלוקת המים נעשית על פי מפתח זכאות אחד המתאים לכל צרכני הרשת.

המערכת מאבטחת את אמצעי הקיום המרכזי – המים ומאפשרת את אמינות הספקתם.

מהשטחים החקלאיים של מושב עידן, בצפון הערבה, ועד מושב פארן בדרומה, ישנה עלייה טופוגרפית של כ-300 מ', הפרש זה מחייב תחנות שאיבה מקומיות להזרמת המים דרומה.

כ- 70 קידוחים בתפוקה של כ- 6,300 מ"ק לשעה ב- 22 שעות שאיבה ביממה מספקים כ- 142,000 מ"ק ביממה. מים אלו מחולקים בחודשים אוגוסט – נובמבר, בשיא הצריכה, באופן שוויוני, בהתאם לאמנת מים אזורית וחלוקה מרוכזת ומבוקרת באופן שוטף.  לצורך זה הוקמה מערכת אופטימיזציה לפיקוח ולבקרה, המופעלת על-ידי מרכזי המשקים בתיאום מלא עם חברת "מקורות",   ומספקת     מים    למושבים ולחקלאים.