איכות המים בערבה מושפעת במישרין משכבות הסלע ומהמשקעים אשר בתת-הקרקע.
המים נשאבים מאקוות (אקוויפרים) שונות ולכל אחת מהן מים המתאפיינים ברמה שונה של מליחות, במרכיבים שונים המתווספים להם ואפילו בטמפרטורה שלהם. חלחול מי החקלאות, המלחים שבקרקע והדשן, מוסיפים לתכולת המים הנשאבים גם תוספים "מעשה ידי אדם".

עם השאיבה מי התהום מכילים בתוכם חול ואבנים קטנות מה שהופך את המים להיות בעלי פוטנציאל גבוה לאינקרוסטציה – היאטמות. עקב כך נסתמים, במשך הזמן, חלקים מהמסננות או חלקים מהפרפורציות (הנקבים בצינור בתת-הקרקע המאפשרים מעבר של מים) כתוצאה מכך, הספיקות והתפוקות יורדות באופן ניכר. כאשר המצב מחמיר יש צורך לשקם את הקידוח. פעולות השיקום לעיתים אינן מצליחות ואז נאלצים לנטוש את הקידוח או לקדוח קידוחים חלופיים בקרבתו.
המים בערבה (גם השפירים) מוגדרים כאינם ראויים לשתייה על פי תקן משרד הבריאות, לעומת זאת אין תקן מחייב למים בחקלאות.
המים, הנשאבים מאקוות אבן חול נובית וקנומן, עולים אל פני השטח כשהם מכילים גזים של H2S (מימן גופרי) ותחמוצות ברזל דבר הגורם לריח וטעם רע. מים מאקוות אבן חול נובית מגיעים כשהם חמים מאוד – עד 60 מעלות צלזיוס ויותר (בקידוח פארן 20).

חברת "מקורות" מטפלת מזה שנים בשיפור המים על ידי נידוף H2S וטיפול בברזל או קירור במקרים של מים חמים, כל זאת באמצעות מתקנים הנמצאים באתרי הקידוחים. אצל החקלאים קיימות מערכות סינון בראש כל שטח לטיפול בחול, אבנים וכו' המגיעים בקווי המים.

בצנרת הראשית נערכת מידי תקופה שטיפת קווים. ציוד מיוחד מכניס פיגים (מעין משחולות המועברות בלחץ) לצנרת כדי לנקותה מזיהום שמצטבר.
בערבה פועלות שתי מערכות להולכת מים - מערכת למים שַׁפירִים ומערכת אחרת למים מליחים. המים השפירים מוזרמים לבתי המגורים לצורכי הבית; המים המליחים מיועדים לחקלאות. צומתי מיהול משלבים את שתי איכויות המים: מזרימים מים שפירים למים המליחים לשם שיפור המים המושקים בחקלאות.

בחלק מהיישובים יש מתקן מרכזי להתפלת המים השפירים בשיטת האוסמוזה ההפוכה, המשפרת את איכות המים לרמה של מי שתייה.
בעקבות דרישת משרד הבריאות לספק מים מותפלים לצורכי הבית הוכנס ב-2012 מתפיל לכל ישוב והוקמו בריכת איגום ורשת חלוקה נפרדת לצורכי הבית.

קבצים להורדה